公司積極轉變理念，參與興辦合資、合作和內聯(lián)企業(yè)，并開始嘗試發(fā)展貿易業(yè)務；同時，試行崗位聘任制和經營目標責任制，初步打破了“大鍋飯”“鐵交椅”，從政企合一的地方行政事業(yè)型公司逐步轉型為一家業(yè)務涉及投資、貿易、地產、金融等領域的綜合性實體企業(yè)。

一方面，公司通過改革進一步完善內部經營管理機制；另一方面，對投資項目進行清理整頓，有效提高投資企業(yè)的經濟效益。同時，堅持“一業(yè)為主、多業(yè)并舉”的發(fā)展方針，基本形成了以進出口貿易為主，實業(yè)投資和房地產業(yè)為輔，信托證券、國際貨運和其他綜合服務業(yè)迅速趕上的發(fā)展格局，搭建了企業(yè)集團的基本框架。

1996年公司改制并正式更名為廈門建發(fā)集團有限公司。1998年開始實施首個三年發(fā)展規(guī)劃，進入有規(guī)劃的戰(zhàn)略發(fā)展新階段。同時，生產經營和資本經營并舉，基本形成了貿易及物流、房地產開發(fā)、旅游酒店和會展等核心行業(yè)。

公司不斷加大對核心行業(yè)的投資，采取各種措施推動核心業(yè)務快速發(fā)展，各核心行業(yè)也不斷創(chuàng)新經營和盈利模式，壯大自身業(yè)務，經營規(guī)模和效益快速增長，旗下?lián)碛薪òl(fā)股份公司、建發(fā)房地產集團、聯(lián)發(fā)集團、建發(fā)旅游集團、廈門會展集團等核心企業(yè)。  

公司積極適應經濟新常態(tài)，以創(chuàng)新發(fā)展為主導，注重有質量的內涵發(fā)展與外延擴張，推動供應鏈運營、房地產開發(fā)、旅游酒店、會展和投資等核心主業(yè)不斷提升競爭力，同時培育起醫(yī)療健康、城市公共服務、新興產業(yè)投資等新產業(yè)，促進公司高質量可持續(xù)發(fā)展。